Na terenie Małachowianki trwają intensywne prace budowlane. Ekipy remontowe wykonują zbrojenie szybu windy w budynku kolegiaty. Również na terenie kolegium pojezuickiego trwają już zaawansowane prace budowlane w salach lekcyjnych i piwnicach. Prace mają przystosować zabytkowe budynki kolegium i kolegiaty do potrzeb osób niepełnosprawnych oraz wymogów bezpieczeństwa przeciwpożarowego.
Nie istnieją już dotychczasowe schody w klatce schodowej od ul. Małachowskiego. Pracownicy firmy Ciałbud, która jest wykonawcą remontu Małachowianki, przystąpili do wykonania szybu windy dla osób niepełnosprawnych. W tym celu najpierw została zburzona znaczna część klatki schodowej oraz schodów w kolegiacie św. Michała, a obecnie trwają prace zbrojeniowe. Po zakończeniu zbrojenia rozpocznie się betonowanie w tej części budynku. Powstanie nowy ciąg komunikacyjny wraz z windą dla osób niepełnosprawnych.
Małachowianka jest działającą szkołą, dlatego kolegiata będzie wyposażona także w nowe, oddzielne wejścia dla zwiedzających. Korzystanie z nich nie będzie kolidowało z zajęciami lekcyjnymi. Takie rozwiązanie umożliwi turystom zwiedzanie zabytków (także tych odkrytych podczas remontu) oraz muzealnych pomieszczeń szkoły, do których do tej pory dostęp był utrudniony. Ekipy budowlane zajmują się również poddaszem. Powstają tam nowe pracownie lekcyjne oraz został właściwie od nowa wykonany dach.
Prace budowlane trwają także w XVII-wiecznym skrzydle szkoły. W miejscu, gdzie do tej pory znajdowała się harcówka, powstanie nowa, mała aula. To miejsce także będzie przystosowane dla potrzeb osób niepełnosprawnych. W piwnicy kolegium jezuickiego będzie funkcjonowała scena teatralna na kilkadziesiąt miejsc. Podczas prac budowlanych w tym skrzydle szkoły, zostały odkryte fragmenty najprawdopodobniej barokowych posadzek. Materiał został przekazany do specjalnej analizy, która potwierdzi lub wykluczy XVII-wieczne pochodzenie odsłoniętych cegieł.